Das Kiwoko Hospital wurde 1989 von dem irischen Arzt Ian Clarke gegründet. Bereits 1988 kam der Allgemeinmediziner aus Bangor, Nordirland, zum ersten Mal nach Uganda. Zu dieser Zeit waren große Teile des Landes aufgrund des Bürgerkrieges verwüstet und viele Menschen kämpften um das Überleben. Auch Kiwoko, dass sich im sogenannten Luwero Dreieck befindet, blieb nicht verschont. Als der junge Ire zum ersten Mal die Gegend besuchte waren fast alle Häuser zerstört. Nur die örtliche Kirche war noch intakt geblieben. In diesem schrecklichen Szenario begann Dr. Clarke schon bald mit seiner ärztlichen Tätigkeit. In seinem Buch "Missionaries" schildert der Autor Julian Pettifer die damalige Situation wie folgt:

"Nur wenige Gebiete Ugandas haben eine tragischere Geschichte zu erzählen als das grüne und fruchtbare Ackerland nördlich von Kampala, das als Luwero-Dreieck bekannt ist. In dem tragischen Krieg der Vergeltung, der die Jahre des Obote-Regimes in Uganda blutete, wurde das Gebiet systematisch zerstört. In diesem düsteren Klima besuchte Ian Clarke, ein christlicher Arzt aus Nordirland, Luwero. Er eröffnete eine Klinik auf den Stufen einer von Kugeln durchsetzten Kirche. Der Boden der Kirche war sein Operationstisch, und in der Tür gab der lokale Pastor, ironischerweise Livingstone genannt, die Medikamente aus."

Dr. Clarke wurde schnell bewusst, dass die Menschen langfristige und strukturierte medizinische Hilfe brauchten. Nach kurzzeitiger Rückkehr nach Nordirland kündigte er dort seine Anstellung in einem Gesundheitszentrum und zog zusammen mit seiner Familie nach Uganda. In der Region um Kiwoko war er zunächst der einzige qualifizierte Mediziner.

Zunächst beschloss der Arzt deshalb die örtlichen Dorfbewohner in einfacher Gesundheitsfürsorge und Hygiene auszubilden. So lehrte er Bewohner aus dem Dorf über die wichtigsten Krankheiten und deren Therapie. Dadurch war es möglich viele Menschen, die zum Beispiel unter Malaria litten, zu therapieren. Darüber hinaus wurden auch Besuche in weiter abgelegene Dörfer durchgeführt, um die Menschen in diesen Gebieten zu behandeln und zu impfen. Schon bald war der Wille für die Eröffnung eines Krankenhauses da, um die medizinische Versorgung in der Region zu verbessern. Zunächst fehlten jedoch die finanziellen Mittel für den Bau einer Klinik, weshalb lediglich eine Apotheke eröffnet werden konnte. Erst Spenden aus Nordirland machten es möglich, mit der Errichtung eines Krankenhauses zu beginnen. Als Ausgangspunkt diente das Fundament einer alten Schule. Die Dorfbewohner entfernten anfangs das dichtgewachsene Elefantengras und legten so das Territorium für das zukünftige Krankenhaus fest. Anschließend wurde Schritt für Schritt mit dem eigentlichen Bau begonnen. Ziegelsteine wurden von zerstörten Häusern herangeschleppt, andere Baumaterialien wurden von den Einheimischen direkt vor Ort hergestellt. Es dauerte 24 Monate bis zur Fertigstellung der Klinik – ein Projekt, das nur durch weitere Spenden von kirchlichen Organisationen oder Privatpersonen ermöglicht wurde.